臺大藥學系王光昭教授以及多位藥物化學前輩們，長年積極推展藥物化學研究與國際交流，於1994年12月，當時之中國藥學會(後改為台灣藥學會)理監事會會議中正式提案並通過成立「藥物化學組」，由王光昭教授擔任第一屆召集人。

藥物化學組成立後，在國內積極籌劃辦理研討會，希望藉由學術演講及研究成果的展現，提供藥物化學研究者的學術交流舞臺，讓彼此交流研究成果、切磋與分享研究經驗，希望能促進國內藥物化學領域的發展。第一次藥物化學研討會在1995年3月31日，假當時的台北縣(新北市)淡水洲子灣舉行，由臺大藥學系陳基旺教授團隊承辦(當時陳教授還任職國防醫學院，但已通過臺大醫學院之聘任，所以名義上由臺大、國防合辦)。此後每年召開一次國內研討會，由各學校藥學院/系/所及工研院輪流承辦，此年度研討會也自此承擔了推動國內藥物化學研究與交流的重責大任。

在藥物化學組成立十年後的2004年，陳基旺教授在藥物化學組提出了設立一個以「推展藥物化學研究相關之公益性學術活動和教育」為宗旨的基金會構想，立刻受到多位藥物化學先進的肯定與支持，當時正當臺大藥學第18屆傑出系友陳志明博士從美國回臺發展之際，陳博士正積極的尋找機會回饋臺灣社會及母系，陳基旺教授將籌設藥物化學學術教育基金會的構想分享給陳博士，獲得陳博士的高度肯定與充分支持，在幾次籌備會討論後，於2004年1月30日籌備會議通過以王光昭教授為精神號召，陳博士慨捐美金15萬元(約為當時台幣500萬元)，並以王光昭教授為捐助人，設立基金會，在王儀蓉小姐的積極協助下，完成「財團法人台北市王光昭教授學術教育基金會捐助章程」，董事會成員則盡可能以均衡各藥學院系為考量。

第一屆董事成員有王光昭、林東和、王錫傑、周萬吉、李安榮、郭盛助、陳志明、陳繼明、曾誠齊、黃國慶、蕭明熙、陳基旺、呂玉玲、王儀蓉、李連滋等多位學者專家，並推舉王光昭教授為第一屆董事長，並於2004年7月6日由第一屆董事會第一次會議通過修訂捐助章程，於2005年7月19日在台北市政府申請登記成立了「財團法人台北市王光昭教授學術教育基金會」，基金會也開始接受捐助，積極推展藥物化學研究相關之學術活動及人才培育。